Scriptbare Java-app voor wetenschappelijke beeldverwerking
ImageJ is een op Java gebaseerd grafisch ontwerpprogramma dat is gewijd aan het analyseren van afbeeldingen dat je gratis kunt installeren vrij van kosten op je compatibele Windows-desktops. Het kan zowel als een online applet of als een downloadbare applicatie draaien. Belangrijker nog, deze fotografie tool stelt je in staat om 8-bits, 16-bits en 32-bits afbeeldingen weer te geven, te bewerken, te analyseren, te verwerken, op te slaan en af te drukken.
Om nog maar te zwijgen, het ondersteunt ook de meest voorkomende afbeeldingsbestandsindelingen, waaronder TIFF, GIF, JPEG, BMP, PGM, DICOM, ASCII, FITS en ruwe gegevensbestanden in tekstformaten zoals spreadsheets. ImageJ kan een opmerkelijk alternatief zijn voor Meesoft's Image Analyzer en Calvin Hass' JPEGsnoop.
Waarvoor wordt ImageJ gebruikt?
Het belangrijkste doel van ImageJ is om oppervlakte en pixelwaarden te berekenen die uiterst nuttig zullen zijn voor grafisch ontwerpers. Het gaat echter ook een beetje verder, waardoor je afstanden en hoeken kunt meten, dichtheidshistogrammen kunt maken en ook lijnprofielplots kunt maken. Bovendien biedt het andere standaard beeldverwerkings functies zoals contrastmanipulatie, verscherping, vervaging, randdetectie en mediaanfiltering, om er maar een paar te noemen. Geometrische transformaties zoals schaling, rotatie en flips kunnen ook worden uitgevoerd met deze digitale foto utility.
De kleurverwerking functie van ImageJ is krachtig en veelzijdig, waardoor je een reeks kleurgebaseerde analyses en aanpassingen op afbeeldingen kunt uitvoeren. In het bijzonder ondersteunt het verschillende kleurenschema's, waaronder RGB, HSB en CIE Lab, waarmee je afbeeldingen met precisie kunt verwerken, afhankelijk van hun analysemogelijkheden. Deze software maakt kleurenscheiding mogelijk, waardoor je een afbeelding kunt splitsen in individuele kleurkanalen, die vervolgens afzonderlijk kunnen worden aangepast.
De op Java gebaseerde beeldverwerkingssoftware kan beeldstapels verwerken—een multithreaded reeks afbeeldingen die een enkel venster delen. Hiermee kun je tijdrovende bewerkingen parallel uitvoeren op multi-CPU-hardware. Automatiseer taken en maak aangepaste tools via zijn vooraf geïnstalleerde macro's. Het kan macrocode genereren met behulp van de opdrachtrecorder, terwijl het gebruik van een macro-debugger je in staat stelt om deze te debuggen. Er zijn meer dan 300 macro's die je binnen de app kunt gebruiken en meer dan 500 plugins beschikbaar.
ImageJ vs. Fiji
Voor de duidelijkheid, Fiji is net als ImageJ maar het is gebaseerd op ImageJ2—een complete herschrijving van de eerste versie voor multidimensionale beeldgegevens—in plaats daarvan. De ontwikkeling van Fiji is gericht op het bieden van een distributie van ImageJ2 met veel gebundelde plugins. Het integreert een updatesysteem dat een ordelijke menustructuur en uitgebreide documentatie genereert door gedetailleerde algoritmebeschrijvingen en tutorials te bieden. Velen raden Fiji aan boven ImageJ, vooral voor gebruikers die zich bezighouden met levenswetenschappen, omdat het is uitgerust met de Bio-Formats plugin.
Bio-Formats zal je enorm helpen om de meeste van de propriëtaire bestandsformaten te openen die microscoopleveranciers gebruiken om afbeeldingen op te slaan. Bijvoorbeeld, de 3D-viewer die registratie, segmentatie en andere geavanceerde beeldverwerkingsalgoritmen door lichtmicroscopie implementeert, kan gegevens beter visualiseren. De TrakEM2-component die het bevat, is met succes gebruikt en verbeterd om neuronale afstammingen in larvale Drosophila-hersenen te analyseren. Fiji stelt je in staat om de noodzaak te vermijden om meerdere componenten van verschillende bronnen te installeren.
Goede afbeeldingsanalysator
ImageJ is een fatsoenlijke en slankere oplossing voor afbeeldingsanalyse. Het laadt en werkt veel sneller en is ook gemakkelijker voor niet-programmeurs om te bedienen. Aangezien het bestaat uit de ‘Compileer en Voer uit’ functie voor plugins zonder dat je een code-beheersysteem hoeft te leren. Maar, als je betere verwerking verlangt die ook meer ingebouwde macro's en plugins biedt, zal Fiji een betere optie zijn, vooral als je op het gebied van levenswetenschappen bent.
